Οι Ενότητες Εργασίας (ΕΕ) και τα Παραδοτέα (Π) που θα υλοποιηθούν στο πλαίσιο του ενισχυόμενου έργου PRO-sCAP είναι τα ακόλουθα:

• ΕΕ1: Οργάνωση και Συντονισμός της Σύμπραξης
• Π1.1 Θεσμοθέτηση διαδικασιών ίδρυσης, οργάνωσης, διαχείρισης και επέκτασης της Βιολογικής Συλλογής Δειγμάτων και του Ερευνητικού Έργου της Δράσης (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 12)
• Π1.2 Αναλυτική περιγραφή των κλινικών πρωτοκόλλων και των διαδικασιών διαχείρισης κλινικών δεδομένων και επεξεργασίας δειγμάτων ασθενών (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 6)
• Π1.3 Οργάνωση συναντήσεων του Δικτύου (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π1.4 Αναφορές (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ2: Κλινικές Μελέτες
• Π2.1 Ένταξη ασθενών και μαρτύρων στην μελέτη. (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π2.2 Προτυποποίηση μεθοδολογίας βρογχοσκόπησης και δειγματοληψίας (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π2.3 Δημοσιεύσεις (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ3: Οργάνωση Συλλογής Βιολογικών Δειγμάτων και Βιο-κλινικών Δεδομένων
• Π3.1 Σχεδιασμός και υλοποίηση της βάσης δεδομένων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 12)
• Π3.2 Σχεδιασμός, υλοποίηση και επιβεβαίωση της ασφάλειας της Τράπεζας δεδομένων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 12)
• Π3.3 Δημιουργία βιοτράπεζας κλινικών δειγμάτων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π3.4 Επιμέλεια καλής λειτουργίας των υποδομών (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 24)
• ΕΕ4: Μοριακές αναλύσεις μεγάλης κλίμακας (Multi-OMICs) σε υλικό από ασθενείς από τις προοπτικές κλινικές μελέτες sCAP και πνευμονική υφομυκητίαση σε αιματολογικούς ασθενείς
• Π4.1 Ανάλυση γονιδιωματικής έκφρασης κυττάρων στον πνεύμονα. (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.2 Ανάλυση επιγενετικής ρύθμισης της έκφρασης σημαντικών ανοσολογικών μονοπατιών (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.3 Ανάλυση ανοσολογικού προφίλ σε βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα ασθενών με σοβαρή πνευμονία (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.4 Μεταβολικό προφίλ ανοσολογικών κυττάρων πνεύμονα και περιφερικού αίματος (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.5 Στοχευμένη μεταβολωμική ανάλυση σε βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα, κύτταρα του πνεύμονα και ορό (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.6 Στοχευμένη πρωτεομική ανάλυση σε βρογχοκυψελιδικό υγρό (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.7 Ανάλυση μοριακού προφιλ μικροβιακών κοινοτήτων του αναπνευστικού (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.8 Απομόνωση και λειτουργική ταυτοποίηση των αντιπροσωπευτικών στελεχών μικροβίων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π4.9 Καλλιέργεια και απομόνωση ιογενών αιτίων πνευμονίας της κοινότητας (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ5: Λειτουργικές δοκιμασίες σταδιοποίησης της «ανοσοπαράλυσης»
• Π5.1 Σταδιοποίηση ανοσοπαράλυσης μακροφάγων του πνεύμονα (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π5.2 Σταδιοποίηση ανοσοπαράλυσης ουδετεροφίλων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ6: Μελέτη των μοριακών μηχανισμών δυσλειτουργίας των μακροφάγων
• Π6.1 Αναφορά αποτελεσμάτων αλληλούχησης μοναδιαίων κυττάρων (Single-Cell RNAseq) ανάλυση σε επιλεγμένους ασθενείς (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π6.2 Ενδογενείς μηχανισμοί ανοσοπαράλυσης των κυψελιδικών μακροφάγων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π6.3 In vivo επιβεβαίωση των μοριακών μηχανισμών σε πειραματικά μοντέλα πνευμονικών μυκητιάσεων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π6.4 Εξωγενείς μηχανισμοί ανοσοπαράλυσης των μακροφάγων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ7: Ανάπτυξη μοντέλων οργανοειδών πνεύμονα για την ολιστική μελέτη των μηχανισμών επιθηλιακής βλάβης και επούλωσης στην πνευμονία
• Π7.1 Μοναδική συλλογή οργανοειδών από επιθηλιακά κύτταρα υγειών και ασθενών με πνευμονία (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ8: Βιοδείκτες και Προγνωστικά μοντέλα μηχανικής μάθησης
• Π8.1 Νέοι προγνωστικοί/προβλεπτικοί βιοδείκτες ανοσοπαράλυσης των μακροφάγων (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π8.2 Σύστημα αυτόματου συμπερασμού για την κατηγοριοποίηση των ασθενών με sCAP σε ομάδες κινδύνου (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π8.3 Εφαρμογή του συστήματος αυτόματου συμπερασμού για τη σταδιοποίηση κινδύνου σε υποομάδες αιματολογικών ασθενών (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• ΕΕ9: Δραστηριότητες διάχυσης και δημοσιότητας
• Π9.1 Παρουσίαση του έργου μέσω ηλεκτρονικών μέσων. (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 6)
• Π9.2 Συμμετοχή σε τουλάχιστον δύο επιστημονικές εκδηλώσεις για το ευρύ κοινό (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)
• Π9.3 Δημοσίευση των αποτελεσμάτων του έργου σε επιστημονικά περιοδικά μεγάλης εμβέλειας (Αναφορά – ΕΚΠΑ – Παράδοση μήνας 28)